Říční dno
Řeku netvoří jen vlastní tekoucí voda v korytě. Pod pojmem řeka se skrývá řada dalších biotopů. Důležitou roli hraje říční dno, které je tvořeno bahnem, pískem, štěrkem či kameny. Žije zde řada drobných organismů jak živočichů, tak rostlin. Pod samotným dnem je několik desítek centimetrů štěrku. V této vrstvě se nachází tzv. podříční voda, která je rovněž osídlena organismy říčního dna a je nepropustnou "izolační" vrstvou oddělena od hladiny pravé podzemní vody.
Ta nevyplňuje jen prostor pod vlastní řekou, ale zasahuje daleko v jejím údolí. Prostřednictvím tzv. oken se podzemní voda mísí s vodou říční. Průtok v řece není tedy závislý pouze na srážkách, jak by se na první pohled mohlo zdát. Nashromážděné zásoby vody se uvolňují v suchých obdobích roku a průtok vyrovnávají.
Samočištění
Vodní toky mají úžasnou schopnost tzv. samočištění. To znamená schopnost přirozeného odbourávání organických látek pomocí fyzikálních, chemických i biologických dějů. Účinnost samočistícího procesu je přímo úměrná aktivnímu povrchu dna. Kameny a písek jsou ze všech stran obaleny především mikroorganismy tzv. biofilmy. Účinnost a efekt samočištění záleží na tom, kolik aktivních vrstev říční dno má a jak efektivní je výměna vody v rámci celé nivy. Samočištění probíhá i hluboko pod zemí. Přirozené toky, které mají možnost hromadit a za velkých vod přeskládávat a propírat sedimenty, nám službu samočištění plní výborně. Podstatně hůř jsou na tom meliorované toky svedené do rovných struh a příkopů, zatrubněné nebo vydlážděné toky, kde samočištění téměř neprobíhá. Problém nastává i v případě, když je na zemědělských půdách v povodí velká eroze. Jílové částice pokryjí dno a zejména vyplní prostor mezi kameny. I tam pak účinnost samočištění výrazně klesá.
Mikroorganismy odpovědné za samočištění jsou základem potravního řetězce v říčním ekosystému. Znečištění je tím zužitkováno ke stavbě těl živočichů a rostlin, jež rostou v nivách řek ( ...a my jen žasneme nad inteligencí, s jakou se ta přeměna děje).